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La città di Palagonia, già nella preistoria, risultava abitata. A dimostrazione di ciò vi è un insediamento paleolitico vicino all'attuale cittadina di nome di Palikè, fondata da Ducezio nel 453 a.C.che la fece capitale.
Il santuario dei Palici era luogo di giuramenti solenni, ebbe funzione di oracolo e infine rappresentò un asilo per gli schiavi maltrattati.
Settimana Santa
18 Aprile 2014
Le processioni sono accompagnate da numerosi confratelli in camice bianco e dai Cantori che eseguono gli antichi canti della tradizione popolare. La sera del venerdì santo si tiene la processione con i simulacri del Cristo morto e dell'Addolorata.
I resti della piccola basilica di San Giovanni si ergono ancora nella valle bagnata dal fiume Catalfaro e il fascino di questa costruzione riflette la sua antica e misteriosa origine.
Alcuni studiosi sarebbe da riferire al periodo bizantino e quindi intorno al V-
Nel 1073,insieme ad un vastissimo territorio, fu fatta una donazione dal Conte Ruggero al vescovo di Siracusa e poi ratificata da una bolla del pontefice Urbano II. Nel 1407 il feudo fu ceduto a Giacomo Gravina, alla la cui famiglia ricevette il titolo di "Principi di Palagonia" da Filippo IV .